Mërgim Bajraktari ka arritur një tjetër sukses të rëndësishëm në karrierën e tij sportive, duke u pajisur me UEFA A Licencë për trajner profesionist, një nga kualifikimet më të larta në futbollin evropian.
Bajraktari njihet për rrugëtimin e tij të veçantë në futboll. Si lojtar, ai konsiderohej një nga talentet më premtuese të futbollit shqiptar dhe përfaqësoi Shqipërinë në grupmoshat U18, U19 dhe U21. Megjithatë, karriera e tij u vështirësua nga një dëmtim serioz i pësuar gjatë një grumbullimi me Kombëtaren U21 në Austri, që e la jashtë fushave për rreth 18 muaj.
Pas përfundimit të karrierës si futbollist, Bajraktari iu përkushtua trajningut. Ai ka shënuar progres të vazhdueshëm në futbollin rajonal të Baselit, ku është vlerësuar ndër trajnerët më të suksesshëm të rajonit Basel-Baselland. Sipas të dhënave, ekipet që ai ka drejtuar kanë regjistruar ngritje të vazhdueshme sportive, duke avancuar nga një kategori në tjetrën.
Më 7 qershor, Bajraktari përfundoi sezonin me FC Klayhengen në vendin e parë të Ligës së Dytë Rajonale, ndërsa nga 1 korriku do të marrë drejtimin e skuadrës Old Boys.