Pas rreth 20 vjetëve punë të suksesshme të Universitetit të Prishtinës, vitet 1989-1990 shënuan fillimin e përpjekjeve të pandalshme serbe për ta shkatërruar arsimin e lartë në Kosovë.

Me ardhjen e Sllobodan Millosheviqit në krye të Serbisë, një figurë ultranacionaliste e politikës serbomadhe, i cili nxiti kundër shqiptarëve politika nacional-shoviniste, së pari në mesin e serbëve të Kosovës, më pastaj edhe në Serbi e më gjerë, shkolla shqipe në Kosovë, në veçanti Universiteti i Prishtinës, mori goditje të mëdha që çuan deri në rrezikimin serioz, me përmasat e shkatërrimit të arsimit shqip. Pushteti nacionalist serb u angazhua për ndryshimin dhe ndalimin e shollës shqipe në Kosovë.

Gjendja në universitet erdhi duke u përkeqësuar, krahas gjendjes në gjithë Kosovën. Qendra universitare nuk ishte më streha e studentëve dhe as e profesorëve shqiptarë. Sapo u mbyll semestri veror i vitit akademik 1990/91, më 28 qershor 1991, në ditën e Vidovdanit (festë fetare serbe) Kuvendi i Serbisë vendosi masat e dhunshme në Universitetin e Prishtinës.

Gjatë vitit të ri akademik udhëheqësja e dhunshme, e dominuar nga kuadrot serbo-malaziase, e rritën numrin e studentëve për 923 studentë, kryesisht studentë serbë të sjellë nga viset e ndryshme të Serbisë dhe të Malit të Zi.

Më 21 gusht 1991, grupi i Helsinkit në Vjenë lëshoi një deklaratë, ku konstatohej se arsimi shqiptar në Kosovë më nuk ekziston dhe se është shkatërruar nga Serbia. Porse, me fillimin e vitit 1992, synohet të gjenden mundësitë dhe format që shkolla shqipe të fillojë të jetë aktive.

Më 14 shkurt 1992 Universiteti i Prishtinës njofton se më datë 17 shkurt të po atij viti do të fillonte mësimi në nivelin universitar dhe kështu edhe ndodhi.

Në vitin 2019 ka kaluar ligji për statusin e punëtorëve të arsimit, sipas të cilit mësimdhënësve që kanë punuar në sistemin arsimor 1990-99, u ofrohen benificione pas daljes në pension. Përveç mësimdhënësve, sipas ligjit edhe pronarët e shtëpive që në atë kohë kanë lëshuar objektet e tyre, të shfrytëzohen si shkolla do të gëzojnë benificione, si dhe punëtorët teknikë dhe shërbyes.