Më 3 dhjetor 1941, u krijua qeveria shqiptare me kryeministër dhe ministër të Punëve të Brendshme Mustafa Krujën. Qeverisja e tij zgjati deri më 4 janar 1943.

Në përbërje të kabinetit ishin Jup Kazazi- ministër i Partisë Fashiste Shqiptare, Hasan Dosti - ministër i Drejtësisë, Shuk Gurakuqi - ministër i Financave, Iljaz Agushi - ministër i Punëve Botore, Dhimitër Berati - ministër i Kulturës Popullore, Fuat Dibra - ministër i Ekonomisë Kombëtare dhe Dr. Tahir Shtylla - ministër i Tokave të Çliruara.

Qeveria e Mustafa Krujës me ndihmesën e dhënë nga Musolini u përpoq për t’i dhënë shqiptarëve një reagim më liberal dhe më autonom. Kështu shqiptarëve ju kthye flamuri i mëparshëm, duke ia hequr atij kurorën e Savojës dhe Fashiot e liktorit; u liruan nga internimi e burgu një numër i madh antifashistësh; u shpall amnisti për çetat që vepronin kundër italianëve, u ripërtëri xhandarmëria shqiptare, u vendosën lidhje me disa nga udhëheqësit e çetave, shumë prej të cilëve ai kishte pasur marrëdhënie me ta që në vitet e para të veprimtarisë antizogiste.

Mundi t’i bëjë për vete të paktën përkohësisht disa nga udhëheqësit e çetave, përfshi këtu dhe Myslim Pezën, i cili pranoi një amnisti të plotë dhe të drejtën për të lëvizur lirisht. Megjithatë Myslim Peza nuk pranoi të vijë në Tiranë për të marrë ndihmën e premtuar në të holla, për shkak të mosbesimit që kishte ndaj autoriteteve italianë.

Këto suksese të qeverisë së Krujës qenë të përkohshme, shumë prej premtimeve të tija mbetën në mes të rrugës, kështu shumë antifashistë që u liruan nga internimet në Itali u bashkuan me grupet e rezistencës, dolën në mal, gjendja në vend u keqësua më tej etj. Po megjithatë deri në fund të vitit 1941 në Shqipëri nuk qe zhvilluar një lëvizje me të vërtetë mbarëkombëtare dhe kjo nisi të zhvillohej më në fund nga përpjekjet e lëvizjes komuniste e përafërt me lëvizjen e qëndresës kombëtare.

Në fjalën e mbajtur në Pejë, më 29 qershor 1942, përshkruan brengat shpirtërore të atyre viteve të gjata e rrëfehet para kosovarëve për bindjet e tij politike.

“Si shqiptar do të kishem fluturue këtu qysh ditën e parë qi ora e pavdekshme e fisit arbnuer deshti me ia kthye tekembramja këto vise të bekueme prej të Madhit Zot atij qi i përkasin: Kombit shqiptar. Si Mustafa Kruja, qi s’ka bâ punë të madhe për tokën e shênjtë e për popullin vigan të kësaj Kosove, por në mos tjetër i ka kjajtë në zêmër të vet me lot gjakut për 30 vjet rrjesht robnín e saj, mundimet e salvimet e përgjakshme të bijve të saj.

Ndonse larg, kam rrnue shpirtnisht me ju, ndërmjet jush. Ka pasun shqiptarë, shokë të mij sërbofila, qi më kanë ngjitun vulën e zezë të tradhtís sepse kam diftue sympathí për Italín, bashkë me Hasan Prishtinën, Bajram Currin, me Dervish Mitrovicën e sa e sa kosovarë tjerë. Po! Nuk e mohoj. Krejt sympathija e eme, mâ e sinqerta, ka qênë për Italín, ka qênë për Romën sikurse vijon me qênë edhe sod. Sepse ka qênë e âsht nji sympathí qi i ka rrânjët në dashunín t’eme pa kufì për Kosovën shqiptare, për Kosovën kreshnike, për Kosovën e martirizueme. Nuk mujshem e nuk mundem me dashtun sërbín, Beligradin, xhelatët e vllazënve të mij kosovarë. Qe pse jam kenë, jam e do të des italofil. Italofil jo për interesë personale, por për nji ideal, italofil pa pallate e pa çifliqe.

E sod qi Kosova âsht bâ shqiptare, sod qi Kosova s’âsht ma ‘juzhna Srbija’ as ‘Metohija’, por quhet Prefektura e Prishtinës, Prefektura e Prizrenit, Prefektura e Pejës e Mbretnìs Shqiptare, bash në saje të bashkimit të shtetit t’onë me italín fashiste, sod un krenohem për italofilín t’eme, edhe në qoftë se nuk kuqen ndopak ata qi këtë italofilí e kanë vulosun për tradhtí. Për nji njeri qi s’ka tjetër ambicje posë realizimit të nji ideali, s’ka kënaqësì mâ të madhe se me e pà kët ideal të vërtetuem”.

Është, ndoshta, pjesa më e bukur e fjalimeve që Kruja, si kryeministër i Shqipërisë mbajti në Kosovë gjatë vizitës së tij.